登校拒否という言葉の背景には、当時の「学校恐怖症」という定義があります。つまり学校を怖れてはいないけど、登校を拒否する人、といったニュアンスです。

また、その中には本人若しくは親、そして家族に問題があって学校に行けなくなったという意味合いが含まれています。

そして昨今でも使われている「不登校」という言葉には、それら「学校恐怖症」や「登校拒否」という意味合いで説明がつかなくなったケースを含むことになります。

不登校という言葉には、本人や親が悪いのではなく、その他（学校？）も含めた問題から学校に行かない事例を含むことになります。

もうおわかりかもしれませんが、言葉の違いはどうでもよく、ようするに今も昔も、「学校に行かない」という点でそれぞれの言葉は全く同じ意味の言葉だといえます。